Ответить на этот вопрос довольно сложно, если в общем и в целом, то некоторые производители выпускают водоэмульсионную фасадную краску (для наружных работ) с латексом, срок службы которых не менее 15-и лет.
Что такое "обычная эмаль" совсем не понятно.
Есть эмали по дереву для наружных работ,
они разные от разных производителей, обычно срок их эксплуатации 10-ь лет.
Если отталкиваться только от этого, то водоэмульсионная более стойкая.
Но опять же не факт что именно в условиях Ваше эксплуатации эти краски столько продержатся.
Вы пишите о неких перегородках, где это, снаружи, или внутри строения?
Поверхность контактирует с влагой, прямыми солнечными лучами и так далее, всё это влияет на срок службы.
Если речь о внутреннем окрашивании, то лучше отталкиваться от экологичности, водоэмульсионка тут в выигрыше.
Если о наружной, то эмаль лучше защитит поверхность от влаги.
Да и вообще не понятно, почему Вы не рассматриваете вариант с масляными красками на основе натуральной олифы , если речь о внутренних работах, то масляная краска именно для дерева, лучше и водоэмульсионки и эмалевых.
Для наружных работ конечно масляная не очень подходит, она лет через пыть максимум начнёт отслаиваться пластинками.