С чего начать?
Наверное Вы спрашиваете о второй конопатки деревянного дома, ибо первая проводится на стадии строительства.
Начинать надо с ожидания, дом должен дать усадку, на это может уйти год, может меньше, или больше, всё зависит от леса с которого строился дом (сухой, не сухой).
Саму конопатку начинают с нижнего венца (шва).
Тут важно не перескакивать с венца на венец, важно взяли один и прошлись по периметру, после этого этот же венец, но с обратной стороны строения (с внутренней по внутреннему периметру, я имею в виду).
Поднимет ли конопатка сруб?
Возможно и такое, сруб может подняться вплоть до 15-и см, поэтому не нужен при конопатке особый "фанатизм", почувствовали что конопатка пружинит, на этом всё, шов забит прочно.
Какой материал лучше выбрать и почему?
Тут два варианта, или использовать натуральные материалы, или искусственные.
К искусственным относятся герметики для конопатки.
Плюсов у них много, как и минусов. Плюсы, птицы к ним равнодушны, сама работа в разы выполняется быстрее чем конопатка паклей.
Из минусов, не долгий срок службы, выгорают и трескаются на солнце, некоторые виды герметиков образуют слишком прочное соединение при дальнейшее усадки сруба (а она длится и пять лет и даже более) герметик может растрескаться.
Из натуральных, это джут, лён, мох.
Тут уже лучше уточняйте у мастеров которые займутся конопаткой, я бы посоветовал остановиться на джутовой пакле,
у неё и срок службы больше по сравнению с "коллегами" и птицы не так до неё падки и по цене она доступна.