Однозначный ответ дать довольно сложно.
Тем более Вы не уточнили о какой именно пакле идёт речь
Джутовой пакли,
или льняной?
Тут есть смысл сравнить саму паклю между собой, джут вне конкуренции, он дороже льна, но по эксплуатационным качествам джут лучше, прочнее, его "не уважают" (почти) птицы, он практически не гниёт и не плохо справляется с влагой.
Мы не знаем о какой пакле речь, поэтому если просто лён и джут, то покупайте джут.
Если льноволокно и льняную паклю сравнить, покупайте льноволокно, эксплуатационные качества льноволокна выше чем у льняной пакли.
Если льноволокно и джутовую паклю, я бы выбрал джутовую паклю, почему, писал выше.
Дальше, надо учитывать кто именно будет производить конопатку, Вы пригласите мастеров, или займётесь этой работой самостоятельно?
Если самостоятельно, выбирайте льноволокно, им работать проще, льноволокно эластичное, пакля более жёсткая, работать сложней и дольше.
Далее, проёмы будете выпиливать до конопатки, или после? (оба варианта рабочие), если после, то конопатьте льноволокном, пакля наматывается на цепь пилы и выпиливать проёмы будет крайне сложно.
Я бы на Вашем месте сравнивал лён с джутом, или оба материала с мхом, так будет правильней.
А ещё лучше (это если будут работать мастера) прислушаться к мастерам, причём Вашим, местным, они помогут выбрать нужный материал с учётом именно Вашей местности, Вашего дома, у нас такой информации, нет.