Ситуацию лучше видеть, да и слово "реставрировать" слишком не однозначное, включающее в себя множество действий.
И второе, иногда дешевле полностью заменить вагонку, чем её ремонтировать (реставрировать).
Вагонку лучше полностью снять с потолка, во-первых работать на потолке не удобно, а во вторых необходимо оценить состояние внутренней поверхности вагонки, она так же нуждается в дальнейшей обработки.
На этой стадии многие начинают понимать, что новое дешевле и беспроблемней старого и испорченного.
В первую очередь необходимо с вагонки полностью удалить старое лакокрасочное покрытие.
Работа очень сложная, можно использовать специальные смывки (очистители), вот к примеру не плохая, работает с деревом "Pufas".
Можно воспользоваться циклей, скребками, можно пробовать разогреть поверхность феном и так снимать старые слои лака (уверен что слоёв очень много).
Далее, осматриваем вагонку, возможно есть трещины в большом количестве, шпаклюем и шлифуем (есть шпаклёвки по дереву).
Далее грунтовка, просушка, нанесение антисептика, можно и сразу грунт с антисептиком.
Все операции производим с двух сторон вагонки.
Дальше, шлифовка и подготовка к нанесению лака.
Лак лучше на водной основе, речь о внутреннем помещении.
Лак в два, а то и три слоя с просушкой и шлифовкой каждого слоя (работаем наждачной бумагой с мелким зерном).
Возможно перед всеми этими операциями древесину необходимо отбелить, значит включайте и этот пункт.
Не глядя советовать сложно, "реставрация" это не что-то одно, это комплекс различных работ.