Есть такое понятие как "укрывистость" краски, то есть способность ЛКМ (краски в даном случае) перекрывать цвет поверхности на которую она наносится.
Укрывистость у различных красок разная (по составу), значит в Вашем конкретном случае та самая укрывистость не достаточная, нужен второй, а возможно и третий слой краски что бы перекрыть (закрыть) цвет поверхности, то есть шпаклёвки.
Тут ещё и цвет краски может повлиять на результат, к примеру краска белая, шпаклёвка серая, необходимо минимум два слоя с просушкой первого что бы полностью перекрыть цвет основы.
Уберите пыль с поверхности, купите точно такую же краску по составу и далее при помощи кистей, или валика, или краскопульта окрашивайте поверхность повторно.
Шпаклёвка должна быть заподлицо с основной поверхностью,
то есть она шлифуется.
Перед окрашиванием поверхность грунтуется с просушкой, лишь затем окраска.
Локальная покраска (только трещин) вариант не эффективной, любая краска со временем выгорает, теряет цвет, подобрать один в один цвет крайне проблематично, окрашивать надо всю поверхность, слоёв минимум два.
