В данном случае всё абсолютно индивидуально, а все проводимые работы комплексные (то есть что-то одно не поможет).
Так же важно отметить та самая гниль о которой Вы спрашиваете может полностью уничтожить бревно в этом случае бревно меняется на новое,
при поражении гнилью всего строения, строение под снос.
В начале оцениваем степень поражения брёвен гнилью, можно простучать брёвна костяшками пальцев (у гнилого бревна пустой звук), можно просверлить отверстия, или проткнуть бревно шилом.
Надо подкопать фундамент и осмотреть нижние венцы.
Если действительно сруб можно отремонтировать, то есть смысл продолжать, если всё превратилось в труху, то сами понимаете.
Устраняем причину, гниль и плесень любит влажную среду.
Осмотрите фундамент, нижние венцы должны защищаться специальными мастиками
(можно битумными) между нижним венцом и фундаментом, гидроизоляция.
Отмостка.
Продухи, всё это должно быть и должно работать.
Сруб надо постоянно осматривать на протяжении всей его жизни что бы не допускать гнили.
Если поражение не критическое и его можно остановить, то лучше препарата "Неомид 500-т"
с этим вряд ли кто справится.
Это отбеливатель древесины, который сделает Ваш сруб как вчера построили, но подчеркну, если бревно не сгнило полностью.
Предварительно механическим путём очищаем бревно от плесени (гнили, синевы и так далее).
Средство "Неомид 500" это концентрат, в зависимости от поражения бревна пропорции по разведению.
Разводится водой.
Наносится кистью, затем замывается водой.
"Неомид 500" остановит проникновение гнили в структуру бревна и уничтожит грибок.
После просушки сруб можно и нужно обработать консервирующим антисептиком.
К примеру "Неомид 430"
(это тоже концентрат).
Это всё в общем, Ваш сруб надо видеть, возможно нужна шлифовка, конопатка, возможно частичная, или полная замена брёвен, возможно нарушена геометрия строения и так далее.
Без комплексного обследования говорить предметно крайне не правильно.
Не забывайте и о кровле, если есть протечки, то вся гниль может распространяться и от туда.