В таких случаях дверную коробку просто врубают в сруб. Коробку ставят на нижнее бревно. А следующие бревна вставляют в пазы на самой коробке. Как вариант, на боку коробки может быть гребень. Тогда пазы выбираются в бревнах. Щели лучше сразу проложить мхом или паклей.
Картинка для бруса, но суть не меняется.
