Если Вы будете клеить плотные обои, или же обои под покраску, то цвет основы не играет ключевую роль.
То есть можете ни чего не делать, просто поклейте обои, шпаклёвка и те самые пятна не будут просвечиваться через такие обои.
Скорей всего при нанесении грунтовки на поверхность Вы допустили ошибку, например не разбавили концентрированную грунтовку водой (это нужно было сделать в обязательном порядке), или же грунтовали шпаклёвку которая не окончательно высохла.
Или не окончательно высох слой той самой грунтовки.
Некоторые грунтовки глубокого проникновения (но не все) могут давать чуть желтоватый оттенок на поверхности, после высыхания.
Эту особенность нужно было сразу учитывать, если собираетесь клеить тонкие обои под которыми может просвечиваться поверхность.
Нужно было покупать вот такую пигментированную
(её же иногда называют грунт-краской, хотя это не совсем она) грунтовку белого цвета.
Но если так получилось, то конечно же смывать грунтовку со стен не вариант и тем более не вариант, если это грунтовка глубокого проникновения, она глубоко проникает в толщу той же шпаклёвки.
Стены можно покрасить нужным цветом, тем более что подготовка завершена, стены выровнены и загрунтованы.
После просушки краски можно клеить обои и на краску.
Но моё личное мнение, проще, да и правильней, купить другие обои, более плотные, а обои под покраску вообще практически идеальный вариант в Вашем случае.
