Конечно нарушена последовательность выполняемых работ.
Если речь об унитазе напольного монтажа (например унитаз компакт) то в начале на полы кладётся плитка и лишь затем устанавливается унитаз на кафель, а не наоборот.
Если наоборот, то вокруг основания (подошвы) унитаза плитка подрезается, выкусывается и вся эта подрезка, выглядит эстетически не привлекательно.
Но если так получилось, то мои варианты следующие:
Замазать фугой (затиркой для швов).
Той же фугой которой затирали швы кафеля на полу.
Но тут важно учитывать, фуга может быть для узких швов, может быть для широких, если у Вас плитка укладывалась на не широкие крестики, то возможно придётся покупать отдельно фугу для широких (от 5 мм) швов.
При необходимости цвет белой фуги можно изменить колером, колер нужен водорастворимый.
Вместо фуги можно использовать плиточный клей, я покупал вот такой
"Церезит СМ 115", это клей на основе не серого, а белого цемента, таким клеем можно заделывать даже широкие щели.
Щели можно заделать и герметиком, к примеру белым силиконовым, но и в этом случае учитывайте размер тех самых щелей, а так же глубину щели (плитка + клевой слой).
Возможно герметик придётся наносить в несколько слоёв, или же использовать уплотнительный шнур.
Плюс к герметику, его не сложно удалить из щелей, если захотите демонтировать унитаз.
Вот это в целом, но моё мнение, всё же лучше 1 раз сделать правильно, снять унитаз, положить плитку, установить унитаз, чем замазывать все эти щели.