Сразу же хочу отметить, стояки (ГВС, ХВС, канализационный стояк) относятся к обще-домовому имуществу.
Вы не имеете права что либо с ними делать (менять к примеру) этим занимается УК.
Возможно речь идёт о вот таких
"стаканах" внутри которого полипропиленовая, или металлопластиковая труба.
При прохождении стояков через перекрытие те самые "стаканы" просто обязаны быть.
Если пробивали отверстие рядом со старыми трубами (хотя так не делается), а старые трубы просто срезали, то опуститесь к соседям ниже, а так же поднимитесь к соседям выше.
Далее остатки трубы в перекрытии выбиваются кувалдой к соседям выше-ниже по этажу.
Затем уже совместными усилиями заделывайте эти отверстия.
Если с соседями не договорились, нужна УШМ (болгарка) и отрезной круг по металлу к ней.
Включаем болгарку и отрезаем куски трубы, можно заподлицо с поверхностью.
Если пластиковая (полипропиленовая) труба внутри металлической, то я бы вообще не резал остатки старой трубы, Вы повредите пластиковую.
Но если нужно, то пробуйте между внутренними стенками металлической трубы и наружными стенками пластиковой вставить к примеру кусок жести.
Далее отрезаем трубу в ручном режиме ножовкой по металлу.
После того как сделали рез по кругу, приподнимаем кусок трубы.
Опять вставляем между пластиковой и стальной трубой "прокладку" и отрезаем трубу, но уже вдоль, тут без УШМ не обойтись, будьте внимательны.
Резов вдоль придётся делать 2 (расстояние между продольным резами чуть больше диаметра пластиковой трубы), чтобы полностью убрать металлическую трубу.