Конечно это отверстие надо закрыть, оно препятствует нормальному функционированию вентиляции. На чердаке отсутствует движение воздуха, что уменьшает тягу вытяжки. Это скорее всего какие-то технологические отверстия, возможно для удобства прочистки вентиляционных труб, чтобы не лезть на лишний раз на скат крыши и не подвергать лишний раз себя опасности и не нарушать покрытие крыши.
Вентиляция на чердаке вполне может осуществляться через чердачные окна для выхода на скат крыши. Если эти отверстия закрыть, то вентиляция в жилых помещениях будет только лучше. При этом достаточно поставить туда сьемные крышки, которые возможно и были там, но в процессе эксплуатации дома могли быть просто утеряны.