Косяки о которых Вы спрашиваете, бывают осознанными и неосознанными.
Осознанные "косяки" случаются когда человек работает по схеме "и так сойдёт".
Неосознанные ошибки случаются если человек не знаком с процессом заливки стяжки, или из-за неопытности.
В этом случае стяжку нужно полностью сбивать до основы, тем более что локально она уже отошла от основания.
Далее поверхность обеспыливается, грунтуется с просушкой, устанавливаются "маяки" и стяжка заливается повторно, если стяжка армируется, то делаем это, нужна гидроизоляция не забываем и о ней.
В Вашем случае стяжка песко-бетонная (вместо крупного наполнителя, то есть щебня, использовался песок крупной фракции) стяжка будет сохнуть около 4 недель и ранее этого срока класть керамогранит не советую.
Вывод:
Если ошибка при заливки стяжки была допущена из-за незнания технологии, то однозначно всю работу нужно переделывать полностью.
Нельзя класть керамогранит на такую стяжку и тем более речь о тяжёлой крупноформатной плитке.
Усиливать стяжку к примеру грунтовкой глубокого проникновения, бесполезно, нет контакта с основой.
Сверлить отверстия перфоратором тоже нельзя, вибрацией (бетон сверлится с ударом) Вы дополнительно "травмируете " стяжку она отойдёт от основы там где ещё держится.
Заливать под стяжку ПВА, или иной клей, растворы тоже не вариант.
Если и "колхозить" то при помощи УШМ (болгарка) и алмазного диска по камню вырезаем "бухтящий " участок.
Далее убираем пыль, грунтуем с просушкой и с торца в том числе, и заливаем этот участок повторно.
То есть ставим своего рода "заплатку".
Если сразу же класть керамогранит на некачественную стяжку (отошла от основы) то плитка создаст на поверхности "монолит".
Другими словами проблемы с одной плиткой перейдут на всю поверхность.
Вначале начнутся проблемы со швами, плитка "пружинит" (под ней пустота, нет контакта стяжки с основой).
При укладке керамогранита устанавливаются вот такие
дистанционные крестики (я обычно беру крестики 2-2,5 мм и более, но не меньше), далее крестики убираются и плитка фугуется (затираются швы).
Та самая фуга на цементной основе самое слабое звено.
Из-за проблем с фугой влага будет попадать под плитку, под стяжку и ситуация усугубится дополнительно.
Далее со временем, плитка начнёт отходить от основы вместе со стяжкой.
Если же "косяки" осознанные, то есть человек изначально работает по схеме "и так сойдёт", в Вашем случае не убирались маяки, не убиралась пыль, основание не грунтовалось, стяжка неровная с перепадами, нет контакта с основой, толщина стяжки для крупноформатной плитки недостаточная, то не совсем логично "заморачиваться" со всем остальным.
Обычно по схеме "и так сойдёт" работают от начала и до конца.
Какое-то время (неделю, месяц, год) плитка продержится на поверхности, растрескавшиеся швы можно заделать повторно.
То оставляйте всё как есть и кладите керамогранит.
Если качество выполняемых работ на первом месте, а так же долговечность, то стяжку нужно сбивать и это однозначно и без вариантов.
Оставлять такую стяжку, это "лотерея".