Нанесение грунтовки обязательный процесс при подготовке поверхности (в Вашем случае это потолок) к нанесению финишного материала.
Поверхность грунтуется и не один раз.
Например потолок выравнивается штукатуркой, перед установкой маяков поверхность грунтуется с просушкой.
После просушки штукатурного слоя и перед нанесением финишной шпаклёвки опять же грунтовка с просушкой.
После шлифовки шпаклёвки (зашкуривания) убираем пыль и опять грунтовка с просушкой под дальнейшую отделку.
То есть то что у Вас потолок загрунтован, это нормально, так и должно быть.
Другое дело что будет на финише и как давно наносилась грунтовка (нельзя делать слишком большой перерыв между грунтованием поверхности и дальнейшей отделкой, пыль осядет на поверхности).
Если потолок будет оклеиваться обоями, то важно учитывать какими.
Если это обои под покраску, на обои нанесён рельефный (выпуклый) рисунок, или же речь о стеклообоях под покраску (это плотные бои), то такие обои могут скрыт не большие огрехи при подготовке поверхности.
То есть ни чего делать не нужно, продолжайте работу, клейте обои.
Если потолок будет оклеиваться потолочной плиткой, то и в этом случае ни чего делать не нужно, плитка скроет огрехи (не значительные) как и плотные, или рельефные обои.
Если же потолок готовился под покраску (краска наносится на слой финишной шпаклёвки), то Вы явно поспешили с грунтовкой.
Поверхность после просушки шпаклёвки шлифуется (зашкуривается), чтобы не было тех самых огрехов, лучше подсвечивать поверхность.
Я обычно использую вот такую
малярную лампу (лампа проявочного света).
Если её нет, то нужна хотя бы переноска, этот вариант не из лучших, но лучше так чем без подсветки шлифовать тёркой.
В Вашем случае (поверхность загрунтована) нужно продолжать работы по выравниванию потолка, то есть наносится ещё один слой финишной шпаклёвки, это нормально.
Шпаклевка устранит те самые огрехи.
Далее просушка, и шлифовка поверхности с подсветкой.
И только после этого грунтовка с просушкой под покраску.

Грунтовка шпаклевке не помеха, а наоборот, поверхность в обязательном порядке грунтуется перед шпаклеванием.
Финишная шпаклевка наносится сплошным слоем шпателями (один из них узкий, при его помощи шпаклевочная масса накладывается на широкий шпатель).
Шпатель держим под небольшим углом к поверхности.

Не нужно ни чего "счухивать" тем более сделать это не возможно если речь о грунтовке глубокого проникновения ( а именно её скорей всего и использовали) она глубоко проникает в шпаклёвку.
Нужно продолжать выравнивать потолок шпаклевкой, раз обнаружили "косяки".
Если бы не грунтовали, то возможно получилось бы убрать огрехи шлифовкой с подсветкой (чтобы сразу видеть неровности потолка).