Предположу что полы у Вас деревянные, раз канализация под полом.
Вначале нужно устранить ту самую протечку канализационных труб, которая привела к этой проблеме, ещё лучше трубы заменить полностью.
Перед работой с трубами, убираем плинтуса (напольные) и "вскрываем" полы.
Запах канализации удалить можно, только полностью поменяв грунт под полом.
Нужна совковая лопата, извлекаем грунт, складываем в мешки и выносим из помещения.
Далее примите решение, я бы не стал устанавливать обратно старые лаги, укладывать старую "пропитавшуюся) запахами половую доску.
Сделать можно стяжку, купите песок, мелкий щебень (всё это продается в мешках и можно заказать доставку на дом).
Или же сразу покупаем гравийно-песчаную смесь.
Далее выравниваем грунт под полом, подсыпаем гравий равномерным слоем, и тщательно трамбуем.
Далее слой песка, песок проливаем водой и опять же тщательно утрамбовываем (это так называемая "песчаная подушка").
Затем укладываем гидроизоляцию, я покупал рулонную (обычная пленка, если проще) укладывается с небольшим нахлёстом на стены.
Далее заливаем черновую стяжку (бетонную как вариант), просушка.
Затем укладывается армирующая сетка и заливка основного бетонного слоя.
После того как стяжка высохнет, наберет прочность окончательно, поверхность можно загрунтовать с просушкой и далее (речь о кухне, как я понял) уложить на пол кафельную плитку, или керамогранит.
Плесень, грибок появляются в помещениях с повышенной влажностью.
Протечки канализационных труб Вы устранили.
Проверьте как работает вентиляция в помещении, при необходимости чистим её.
Если поменяли окна на окна со стеклопакетом, то не забудьте установить вентиляционный (приточный) клапан, проверьте зазор между дверным полотном и полом.
А запах плесени удалить можно специальными средствами, я покупал вот такое средство "Диола".
Удаляет и запах плесени в том числе, с различных поверхностей, бетон, дерево, пластик, искусственный и натуральный камень и.т.п.
Средство является концентратом, то есть нужно разводить водой, но если поражения значительные, то используем в неразбавленном виде.
Вначале удаляем очаги плесени механическим путем, например металлической щеткой, шпателями.
Далее кистью наносим средство на поверхность.
Работать нужно в хорошо проветриваем помещении, откройте окна и двери и заодно, проветриванием удалите запах плесени окончательно.
