Причин такого поведения затирки (фуги) довольно много и "что делать" зависит от ситуации:
При замесе (речь о фуги на цементной основе) не соблюдали пропорции воды и самой затирки, в даном случае (неравномерный цвет) добавили слишком много воды, фуга высыхала неравномерно.
Плюс к этому поспешили вытереть швы влажной губкой тем самым ещё больше увеличили количество воды в затирке.
Попробуйте просушить затирку чуть больше времени чем в по инструкции, если цвет затирки в швах остался прежним (неравномерным) то придётся полностью удалять фугу из швов и фуговать плитку повторно.
Возможно сам замес был выполнен не правильно (тут чаще речь идёт о цветной затирке), то есть при замесе не тщательно до однородной массы замешали фугу отсюда и проблемы.
В этом случае чаще всего швы придётся затирать повторно с полным удалением старой фуги из швов.
Возможно у Вашей кафельной плитки слишком большое водопоглощение, плитка активно впитывает влагу из фуги и поэтому цвет затирки неравномерный.
Вам нужно было перед фугованием чуть увлажнить швы плитки, если этого не сделали работу придётся переделывать.
Возможно фуговали швы затиркой с истёкшим сроком годности.
Из личного опыта могу добавить, некоторые заказчики вместо покупки цветной фуги, покупают вот такой водорастворимый колер
и колеруют саму фугу (белую).
Делают это не правильно добавляя колер в затирку.
Отсюда и неравномерность цвета после высыхания.
Колер добавляется в воду на которой замешивается затирка и плюс сам замес должен быть более качественным, замес производится до получения однородной массы одного цвета и без вкраплений.