Сложности точно такие же как и при конопатке сруба после усадки.
А вообще мало информации в вопросе, точнее вопрос вообще не понятен.
Сруб, стоит что называется в "сыром" виде? Нет, окон, дверей, внутренней и внешней отделки? Если да, то причём здесь конопатка вообще, за 20-ь лет брошенное на произвол бревно могло прийти в полную негодность, бревно надо защищать антисептиками, в начале осмотрите сруб, скорей всего его надо не конопатить, а разбирать и выкидывать.
Если это жилой дом, то какая внутренняя и внешняя отделка?
К примеру если изнутри набита дранка, сверху штукатурка, то конопаткой Вы разорвёте штукатурку до состояния "на выброс".
Если бревно каким-то чудом уцелело за 20-ь лет, то начинать надо не с конопатки, а со шлифовки и пропиткой антисептиками.
Если в доме стало не комфортно жить из-за холода, сквозняков, то дом утепляется снаружи и это не только конопатка.
Утепление изнутри производится комплексно, это и пол и чердак и стены.
Конопатка снаружи и изнутри производится "без фанатизма", если установлены, двери, окна и так далее, то важно что бы сруб не перекосило, при сплошной конопатке по периметру сруб может подняться до 15-и см (!), Вы представляете что будет с Вашими дверями и окнами?
Или Вам надо конопатить герметиком, технология не сложная, очистили швы, нанесли герметик и разровняли шпателем,
герметик не устойчив к УФ излучению, но его можно защитить, или наружной отделкой (к примеру евровагонкой) или специальными рейками нащельниками.
В этом случае в щели вставляется пакля, чуть уплотняется, при необходимости удаляется старая пакля.
Конопатка производится два , три раза, первый раз на стадии строительства, второй раз после усадки (это где-то год) и при необходимости после полной усадки (это лет 5-ь).
Нет информации в вопросе, Вы конопатили сруб вообще когда нибудь?