Какую шпатлевку стоит использовать для ремонта деревянной столешницы?

В первую очередь конечно же надо использовать шпаклёвки предназначенные именно для дерева.

То есть шпаклёвку по дереву и никакую другую.

Шпаклёвки по дереву разные и поэтому тут уже надо учитывать следующие шаги после шпаклевания.

К примеру в Вашем случае со столешницей (столешница часто моется, то есть присутствует воздействие влаги, плюс моется с использованием химических средств, чистящие, моющие) вроде бы подходит лучше других эпоксидная шпаклёвка по дереву, вот не плохая, "Боливия" (Bolivia),

Эпоксидная шпаклёвка прекрасно противостоит влаге, устойчива к моющим средствам, прекрасно окрашивается, а вот с морилкой они не дружат.

В этом случае можно купить латексную шпаклёвку по дереву, или акриловую.

Они менее прочные в сравнении с эпоксидной шпаклёвкой, но зато более эластичные и можно столешницу покрывать морилкой.

Выбор за Вами, а у нас не достаточно информации.

Так же не забывайте о такой важной процедуре как грунтовка перед шпаклёвкой, грунтовка должна соответствовать шпаклёвки.

Поэтому сразу при покупке шпаклёвки приобретайте грунтовку.

Если столешница под покраску, то учитывайте и грунтовку и шпаклёвку и краску, всё должно быть совместимо.

Ну и конечно устраните причину появления трещин, скорей всего воздух слишком сухой, древесина пересыхает и появляются трещины (это одна из причин).