Есть свои тонкости связанные с материалом из которого возведён дом.
К примеру если это деревянное строение (тоже штукатурится), то окна вставляются после второй конопатки и естественно после полной усадки, делается обсада (окосячка) и.т.д, потом штукатурка.
Если в целом, то нет определённой последовательности.
Защитить уже втравленные окна вообще не проблема.
Если Вы имеете в виду что штукатурка сохнет и в помещении будет повышенная влажность, то тут опять же палка о двух концах.
Во-первых деревянные окна это не "голая" древесина, благодаря пропиткам влаги они не боятся.
А во-вторых для просушки штукатурки нужна определённая температура и если на улице зима, то конечно окна нужно вставить.
Если Вы имеете в виду что откосы тоже будут штукатурными, то в начале окна, затем штукатурка.
Штукатурка не означает сплошное "болото" и грязь, многое от мастеров зависит, от их аккуратности.
Купите строительный скотч (есть и самоклейка, защитная плёнка), плёнку, можете хоть весь проём зашить плёнкой, можете окно
и штукатурьте без проблем, люди же штукатурят в доме в котором уже давно есть окна, двери и даже мебель не выносят из помещения и это не проблема.