Ну это уже на усмотрение. Можно и поверх обоев, можно и наоборот. Всё исходя из того, что вы хотите дальше, но учтите, если поклеить плинтус поверх обоев, при последующей поклейки плинтус может отвалится. Есть так же вариант поклейки обоев под покраску, сверху плинтус и все щели замазать шпатлёвкой, просто потом перекрашиваете обои и делов-то.
Второй вариант, потолок "под яичко", клеите плинтус, так же замазываете все щели, красите поток с плинтусом, потом подгоняете обои, при последующем смены смело можно вырывать обои не касаясь плинтусов.