Если брать заводскую версию менеджера Tota Commander, то вероятнее всего он чист как белый лист, на подобии far. Но в том его и преимущество, что в него можно встраивать другие приложения и потом работать с ними из под ТС. А ещё мне нравится в нем что кинув папку с ним на флешку, можно открывать в других виндовс системах. В него вшито довольно много, так сразу и не вспомнишь.
Вообще то сам установкой в него портабельного софта как то не заморачивался, надо будет попробовать. Довольно удобно.
У самого этот (портабельный) софт лежит на отдельном диске и используется при необходимости.
