Пакля, это отходы от первичной обработки к примеру льна.
Внешне, пакля грубое волокно.
Джут, это текстильное волокно изготавливается из растения с одноименным названием (Джут).
Есть ещё такое понятие как "джутовая пакля", то есть это по сути одно и тоже, только изготавливаются из различных растений.
Вот фото
джутовой пакли, для наглядности.
Если разделять эти понятия, то и пакля и джут это натуральные материалы в отличие от герметиков (герметик, материал синтетический).
Моё мнение, при деревянном строительстве лучше использовать натуральные материалы, а не синтетические.
Джут с паклей отличаются от герметиков следующим:
Материалом изготовления (составом), долговечностью, методом нанесения ну и конечно экологичностью, скоростью нанесения, это единственное преимущество (личное мнение) герметика перед паклей.
Герметики по дереву могут быть акриловыми, полиуретановыми, силиконовыми (силиконовые в свою очередь могут быть кислотными, нейтральными, санитарными).
Так же есть разделение по области применения, есть герметики для наружных работ, для внутренних, есть универсальные герметики.
Плюс можно подобрать необходимый цвет герметика.
Если речь о конопатке (заделка щелей между брёвен) то как вариант можно приобрести акриловый герметик "тёплый шов".
К герметику нужен "пистолет".


Тут важно учитывать в какой упаковке выпускается герметик, если это картридж, то срезаем носик насадки под углом 45 градусов.
Отводим "поршень пистолета" до упора.
Далее лучше начинать с горизонтальных швов между брёвнами, если шов широкий, то возможно использование уплотнительного шнура до нанесения герметика.
Чуть влажным (но не мокрым) куском ветоши протираем межвенцовый шов на всю его длину (от угла и до угла стены), пыли быть не должно.
Далее приставляем наконечник герметика к шву, см пистолет держим параллельно, выдавливаем герметик из тубы, заполняем шов без пропусков.
Далее нужен шпатель и лучше узкий, смачиваем шпатель в воде (иначе герметик будет прилипать к шпатель) и окончательно разглаживаем шов, лишний герметик тут же убираем.
Всё, переходим к следующим швам.