При выводе дымохода через металлочерепицу есть две "основы" (два правила) которых надо придерживаться.
Это обеспечить пожарную безопасность и полная герметизация трубы дымохода.
Есть свои нюансы связанные с сечением трубы дымохода, это может быть прямоугольная труба, квадратная или круглого сечения.
Металочерепица уже может быть уложена на кровле (и "пирог" под ней) может и нет.
Лучший вариант организовывать (обустраивать, делать) проход трубы дымохода, до монтажа металлочерепицы.
Определитесь с местом вывода трубы, не плохой вариант это конёк крыши (как вариант).
Если металлочерепица уже уложена, размечаем место будущего прохода.
Высверливаем отверстия по размеру трубы.
Далее ножницами по металлу, или лобзиком (электро с пилкой по металлу) вырезаем металлочерепицу.
Зачищаем края, после реза.
Если это круглая труба дымохода, то со стороны чердака крепится вот такая "проходка" гильза,
диаметром больше диаметра трубы дымоходе.
Между гильзой и трубой не горючий материал, к примеру базальтовая вата, набиваем с уплотнением.
Всё, осталось трубу загерметизировать снаружи.
В продаже есть вот такие проходные элементы (проходник, или проходка кровельная, в народе),
крепятся по разному, как вариант смазали изнутри мыльным раствором, место посадки, нанесли силикон (герметик), прижали к металлочерепице, и вкрутили кровельные саморезы.
Проходник можно подобрать под цвет металлочерепицы.
Проходка скроет наш рез, сделанный ранее.
Вот это основное, чуть сложней организовать проход прямоугольного дымохода, но принцип тот же.