На руках нужно иметь акт о неисправности счётчика, проводится экспертиза, если его нет, то платить придётся на общих основаниях, другими словами, платить по установленным общим нормативам. Подсчёты производятся исходя из того сколько человек у Вас прописано. От количества прописанных в квартире и отталкивайтесь.
К сожалению, вот так получается, без "бумажки" (письменного подтверждения), ни чего доказать не возможно.
Ещё бы не плохо счётчики устанавливать в специализированных компаниях, они дают на руки акт о выполненных работах, акт по техническому обслуживанию, в Вашем случае все претензии можно было бы предъявить им.
Пока остаётся только одно, звонить в Водоканал (или свою компанию), приглашать специалистов, они или исправят (отремонтируют) счётчики, или предложат поменять на новые.


Обращаться лучше письменно, так они быстрее придут, ну или лично посетить их контору, по телефону не всегда с ними можно договориться о конкретных сроках.
Ну и последнее, что бы избежать такой не приятности, купите ( если уже решили менять) счётчики у этой же обслуживающей Вас компании, это поможет избежать подобных проблем в дальнейшем.