Лично я просто залил такую впадину расплавленным гудроном (пришлось влить два ведра) Гудрон остыл и застыл,теперь ничего не протекает).
Думаю, что закрывать сверху уже гидроизолированный участок необходимости нет (только мастика будет сохнуть значительно дольше).
Рассмотрите вариант с кусковым гудроном - все-таки уже проверенный.
