Вагонку конечно лучше крепить скрытным методом.
То есть вот таким образом
шурупом, или саморезом в шип, следующая вагонка перекрывает предыдущую, или использовать кляймеры которые крепятся саморезами к брускам обрешётки (каркаса).
ДСП тоже есть шпунтованная такое же соединение как и у вагонки шип-паз.
Так же есть клеевой метод монтажа и ДВП и ДСП, вместо саморезов используется клей из серии " жидкие гвозди".
Если всё же надо скрыть головки саморезов, то мои варианты следующие (головка самореза чуть углубляется в поверхность, нужен зенкер, или сверло бОльшего диаметра):
Подобрать шпаклёвку под цвет поверхности и просто зашпаклевать шляпки саморезов.
Можно использовать цветной герметик.
Есть в продаже специальные декоративные заглушки на головки и саморезов в том числе.
Подобрать краску и колер под цвет поверхности, то есть покрасить головки саморезов.
Можно перемешать древесную пыль с лаком и этой самодельной шпаклёвкой зашпаклевать головки саморезов.
Утопить головку самореза на половину толщиной к примеру той же вагонки, далее вырезать аккуратную пробку из дерева (желательно из той же вагонки, или той же древесины) и забить пробку.
Ну или шкант, потом шкант отрезать заподлицо с поверхность, я обычно ещё и на клей "сажаю" для надёжности.
Есть ещё в продаже специальный мебельный ремонтный воск,
им заделывают различные повержения на деревянных поверхностях, можно попробовать им скрыть головки саморезов.