Плюсы у деревянного по моему мнению один - экологически чистый. Минусов больше: стоимость хорошего плинтуса не дешевле пластикового, подвержен гниению от влаги, дополнительная обработка с годами эксплуатации, а это тоже хлопоты и расходы, подвержен деформции. С пластиковыми проще: прост в монтаже, не боится внешних воздействий влаги, не гниет, дополнительно имеются скрытые каналы для прокладки различного вида проводов, кабелей, не требует к себе внимания с годами эксплуатации и довольно эстетичен.