Наиболее капитальным вариантом было бы, конечно, отодрать старую гидроизоляцию, заровнять впадину цементным раствором и уложить новую гидроизоляцию. Но если Вы обдирать ничего не хотите, можно, как временный вариант, залить ямку расплавленным битумом и заклеить сверху подходящим куском рубероида или чего-то подобного. Главное, хорошо проклеить края, что бы под них не подтекала вода. Это позволит выровнять поверхность крыши и избавиться от впадины.
