Ситуация конечно не приятная, лишний раз можно убедиться что в строительстве мелочей нет.
Грунтовку надо удалять сразу, это секундное дело, а поверхность пола необходимо тщательно закрывать.
Ну и конечно соблюдать правильную последовательность (стены грунтуются до настила линолеума, а не после).


Хотелось бы знать какая именно у Вас грунтовка, на какой основе.
Информации этой нет, поэтому можно начать с простого.
Пробуйте смочить загрязнённую поверхность, но и тут не всё так просто, советую намочить тряпку в тёплой воде, затем чуть отжать и положить на пятно, через пару часов, пробуёте оттереть шпателем, или жёсткой щёткой плюс сухая тряпка.
Если ни чего не помогло, пробуем растворитель, а именно Уайт-Спирит,
он не так страшен для линолеума (ацетионом не советую, можно спиртом в крайнем случае).
Перед тем как работать с Уайт-Спиритом "потренируйтесь" на малозаметном месте, к примеру под диваном, или может быть есть куски линолеума, если всё в порядке, то продолжайте.
Ну и самый последний вариант, который практически всегда срабатывает, это 9-и процентный уксус, увлажняйте им тряпку, и просто оттирайте пятно, в принципе можно пожертвовать зубной жёсткой щёткой, линолеум у Вас рифлёный (Вы об этом пишите) и зубной щёткой просто удобней работать.
Можно пробовать и обычным ластиком, но это если грунтовка на основе ПВА.