Будет ли отставать дополнительный слой силикона от слоя силикона смазанного мыльным раствором?

Отслаиваться будет не только силикон на мыльный раствор, но и просто силикон на силикон.

Производитель так и пишет "силикон на силикон нельзя" (близко к тексту).

Дело в том что после полного высыхания на поверхности силикона образуется тончавшая плёнка, которая ослабляет адгезию практически до нуля.

В Вашем случае можно пойти несколькими путями, первый называется "как повезёт", а второй правильный.

Первый путь: Покупаем в магазине бензин-калошу,

После того как смыли, обязательно просушите поверхность.

Далее, аккуратно наносим "калошу" на силикон, старайтесь что бы жидкость не попала на акриловую ванну.

Благодаря "калоше" силикон размякнет, та самая плёнка ослабнет (о плёнке писал выше), наносите второй слой силикона.

Второй, правильный вариант: Вычищаем полностью силикон, работаем ножом и к примеру той же "калошей", я обычно акриловую ванну чуть сдвигаю, так легче счищать силикон.

Далее, после полной очистки, обезжириваем и наносим слой силикона правильно, правильно это с небольшой горкой, что бы не было впадин и ям.

Лишний силикон убирается после того как он чуть прихватится, видимо Вы старались убрать его сразу, это и явилось причиной образования впадины на краях бортика ванны.

Ещё можно, попробовать сделать не большие "зазубрины" на первом слое силикона, предварительно смыв с него мыло. "Зазубрины" необходимо делать чем-то острым,к примеру остриём ножа, возможно это улучшит адгезию и второй слой ляжет на первый.

Но всё же это ванна и постоянная влага плюс акриловая ванна, она ведёт себя как "холодец", лучше полностью снять и засиликонить повторно.