ВЫ пишите об деревянной вагонке и подготовки её под покраску.
Не до конца понятно для чего нужна шпаклёвка.
Древесина под покраску готовится так:
Убрали старую краску.
Шлифовка.
Обеспыливание.
Антисептирование.
Просушка.
Грунтовка.
Покраска.
Как Вы видите пункт "шпаклёвка" отсутствует.
Шпаклёвка нужна если на поверхности древесины есть трещины, сколы, глубокие ямы, и так далее.
Перед шпаклёвкой в этом случае, трещина так же обрабатывается наждачной бумагой, убираем пыль.
Грунтовка.
Просушка.
Шпаклёвка.
Просушка.
Шлифовка.
Грунтовка.
Просушка.
Покраска.
Не думаю что Вы решили деревянную вагонку шпаклевать в сплошную, то есть из вагонки делать монолит.
Это не целесообразно, вся красота вагонки сведётся к нулю.
Её красота в характерных стыках.
В конце несколько полезных советов:
Если интересует качество выполняемых работ, то вагонку лучше демонтировать, антисептирование должно проводится со всех сторон вагонки, а не только с наружной.
Если под вагонкой деревянная обрешётка, то и брус лучше пропитать антисептическими пропитками.
Грунтовка подбирается под шпаклёвку.