Если выбирать только из двух предложенных Вами вариантов, я бы остановился на  "холодной сварке".
Но помимо этого варианта есть и другие, например склеивание стыков линолеума "горячей сваркой) использование двухстороннего скотча, специальных порожков, а так же склеивание стыков при помощи клеевого пистолета, паяльника.
Как видите в этом перечне нет герметика, потому что "специализация" герметика иная.  
Я стыковал линолеум у себя в квартире при помощи вот такой холодной сварки (а это клей, по сути) "Homakoll S401".  
Состав бесцветный что важно, к "холодной сварке" не нужен "пистолет", к герметику если он выпускается в картридже нужен пистолет в итоге картридж + пистолет выйдет дороже тюбика "холодной сварки".
Тот самый "пистолет" для герметика инструмент узкоспециализированный, то есть больше нигде не используется.
Герметик может использоваться как клей, я на силиконовый герметик клеил и плитку (потолочную) и потолочные плинтуса, но всё же назначение у  него иное.
Соединение стыков с использованием "холодной сварки" более прочное.
Но и у герметика есть некоторые преимущества.
Та самая "холодная сварка" материал узкой специализации, то есть используется только для стыков напольных ПВХ покрытий, включая линолеум ПВХ.
Герметик Вы можете использовать и для иных целей, например заделать щель между стеной и ванной, или раковиной и стеной.
Установить унитаз, в этом случае можно использовать только герметик (покупать лучше санитарный силиконовый) или же герметик работает в паре со штатным крепежом.
Щели на окнах, сравнительно не большой ширины и глубины, тоже можно заполнить герметиком и плюс монтаж потолочной плитки и потолочных багетов (пенопласт).
Если у Вас в квартире  (доме) идет ремонт, то материально герметик более выгодное приобретение, так как сфера его использования более широкая.
Вывод:
Лично я предпочитаю использовать материалы по назначению, "холодная сварка" это специально разработанный клей для стыков линолеума (и не только), конечно же он лучше герметика у которого клеевые характеристики не основной показатель,  а сопутствующий.