Колодец в подвале, не самая лучшая идея, точнее это самое худшее что можно было предпринять в данной ситуации.
Я так понял что проблема возникает только во время сильных дождей, или при таянии снега.
Эта проблема решается гораздо проще и менее затратное, чем к примеру борьба с грунтовыми водами.
Конечно же правильные действия по герметизации фундаменат совершают на стадии строительства дома, но если что-то пропустили, то надо исправлять.
Работы много, но только она поможет решить Вашу проблему.
По периметру здания, выкапываем траншею, далее тщательно очищаем фундамент от земли и грязи, следующий этап обязательная просушка (это важно).
Дальше гидроизоляция фундамента, работаем обмазочной гидроизоляцией, а именно битумной мастикой,
обычно достаточно двух слоёв.
Опять просушка.
Засыпаем траншею.
Теперь делаем правильную отмостку (возможно проблема именно в ней).
Слои "пирога" строго по инструкции (песок, трамбовка, гидроизоляция в два слоя с нахлёстом на фундамент, щебень, арматура, бетон и правильный уклон от фундамента), так же во время изготовления отмостки не забудьте о водосливах.
Теперь работаем в подвале изнутри, очищаем стены и полы от мусора и грязи (выкопанный Вами колодец закапываем).
Дальше обмазочной гидроизоляцией, или плиточным клеем, промазываем стыки между стеной и полом.
Затем на стены наносим гидроизоляцию в два слоя (не плохая гидроизоляция Ceresit CR 65, первый слой кистью, можно в три слоя, если кистью, два- второй слой шпателем), это может быть и обмазочная и рулонная.
Теперь переходим на полы, если работаем по грунту, то слой щебня, далее песчаная подушка с трамбовкой, затем гидроизоляция рулонная с нахлёстом на стены..
Потом арматура и слой бетона не менее 8-и см.