В начале хотелось бы сказать что чистить колодец в одиночку очень опасно, тем более он у Вас довольно глубокий (12 м).
Надо хотя бы одного помощника позвать, ещё лучше двух.
То что Вы уже слили воду не очень хорошо, чистить колодец будет сложней (стенки колодца).
Ну а самый первый шаг, это проверка колодца на загазованность, для этого в ведро опускаем свечу и поджигаем её, если на дне колодца свеча горит, значит всё нормально.
Уровень воды надо было понижать постепенно и одновременно очищать бетонные кольца колодца от грязи, слизи и так далее.
Очистка производится металлической щёткой, но мягкой (мягкой для того что бы не повредить кольца колодца).
В принципе можно и жёсткой губкой, но без всяких чистящих и моющих средств, понятно почему.
Металлическую щётку можно закрепить на длинной палке и таким образом начинать чистку сверху.
Не забываем обильно смывать очищенные места чистой водой.
При этом не забудьте о страховочной верёвки вокруг пояса (поэтому и нужны помощники).
Далее нужна лестница, если такой длинной лестницы нет, то можно соорудить самодельное приспособление: две верёвки, между ними доска и Вы на ней (на доске), два человека сверху подстраховывают и постепенно опускают приспособление всё ниже.
Как только будет возможность установить лестницу, сделайте это.
Дошли до дна. Тут Вам понадобится ведро и длинная верёвка, Вы черпаете ил, грязь со дна, люди сверху вытягивают ведро и выливают.
Каска при такой работе не помешает, ведро может выскользнуть из рук.
В общем-то всё, остаётся заделать швы между кольцами жидким стеклом (естественно стекло с цементом, в чистом виде его не используют) и можно приступать к дезинфекции.
Процедура стандартная, нового ни чего не придумали в этом деле (я имею в виду ручную чистку колодцев).
Стенки колодца промазываются раствором хлорной извести.
Эта же известь выливается на дно колодца.
Далее колодец "закупоривается" на пару суток, можно закрыть крышкой, если она плотная, можно плотной тканью, к примеру брезентом.
Через двое суток, дважды набираем и сливаем воду из колодца.
Процедура дольно длительная (я имею в виду чистку колодца), мало того, рекомендуют чистить колодцы не реже двух раз в год.