У меня тоже квартира в старом доме сталинской планировки и тоже с деревянными перекрытиями. Я делал переустройство (перепланировку совмещал кухню с залом и переоборудовал санузел) хлопот с документацией и разрешениями было очень много. Пришлось приглашать специалистов по планировки такой реконструкции а так же экспертов для заключения возможности перепланировки, большую роль сыграли пожарные службы. Они даже присутствовали при работа по защите перекрытий от пожара. Все это очень удоражает все работы, надо точно знать какие перекрытия у Вас установлены полностью деревянные или комбинированные. Например в санузлах устанавливаются ж/б перекрытия (мокрая зона) тогда проект несколько удешевляется. По комнатам нужно визуально смотреть причем (у нас дом 3 этажный) на третьем этаже могут разрешить снос стен, а вот на первом этаже уже не разрешено проводить такие работы. Все будет зависеть от этажности дома от его сохранности от сохранности многих строительных конструкций и узлов, Такие заключения дают эксперты. Хочу сказать еще вот что ряд некотороых реконструкций вообще не пременим в таких домах в силу особых обстоятельств. 
Например нельзя использовать даже пеноблоки в межкомнатных перегородках а толко легкий материал гипсокартон,  касается и возведения новых межкомнатных перегородок: пункт 2.2.9 Приложения 1 ППМ № 508 в редакции 840 требует выполнять такие работы в домах с деревянными перекрытиями по проекту с ТЗК от уполномоченной организации. 
Так что проблем достаточно много но все можно решить при огромном желании.