Важно учитывать размеры пруда, у нас на даче есть небольшой искусственный пруд, небольшой и по площади и по глубине, воду на зиму сливаем, так как пруд промерзает до самого дна.
Если это Ваш случай, можно слить воду, используя например дренажный насос (можно и ведром, если пруд совсем маленький), далее убираем ил механическим способом.
Если воду слили, то стенки и дно пруда (у нас, это бетон) можно очистить щетками и лучше металлическими, собираем ил в ведра, можно лопатой.
Есть ещё вариант использования вот такого
пылесоса для пруда (водный пылесос), но это не дешевое устройство, особенно если пруд небольшой.
Принцип действия простой, пылесос всасывает грязную воду и ил со дна пруда, далее очищает её (пропускает через фильтры) и на финише в пруд возвращается чистая очищенная вода.
Помимо механической очистки, есть ещё и химическая и биологическая.
Но учитывайте что некоторые химические способы препятствуют появлению (образованию) ила в пруде, но не удаляют его, поэтому можно использовать комбинированный вариант очистки, например механический и химический способ.