Как заделать отверстия от саморезов в вагонке, чтобы было незаметно?

Предположу что речь идёт об деревянной вагонке, ибо вагонка МДФ и тем более вагонка ПВХ ремонтируется чуть иначе.

Конечно же важно знать диаметр отверстий и где именно они находятся, если в шипе ("папе"), то и заделывать их нет необходимости они скроются пазом.

Если под потолком, или полом, то отверстия могут быть перекрыты или багетом, или плинтусами.

Так же важно знать, вагонка чем нибудь покрыта (лак, краска, морилка и так далее) или это древесина что называется в чистом виде?

Подготовка просто разная.

Не буду гадать, предположу что вагонка вскрыта лаком.

Место где находится отверстие, лучше чуть шлифануть мелкой наждачной бумагой, убираем лак.

Дальше всё зависит от диаметра отверстий, скорей всего это не большое отверстие (речь о саморезах).

Можно конечно купить шпаклёвку по дереву, а можно сделать чуть проще.

Берём в руки любую деревяшку, напильник и "добываем" мелкую (практически пыли) древесную стружку.

Далее, перемешиваем стружку с лаком, лак лучше по цвету подходящий к уже имеющемуся.

Вместо лака можно использовать даже обойный клей, но для не большого отверстия лак лучший вариант.

Забиваем отверстие с горкой.

Лак высохнет, можно поработать мелкой наждачной бумагой ещё раз.

Подобным способом можно заделать даже крупные щели,

Можно не "мудрить", а просто пойти и купить шпаклёвку.

Если есть необходимость в отверстие можно вбить щепку и дальше уже заполнять выше описанной шпаклёвкой.