Будет ли держаться обычная шпатлевка на металле?

Будет, дело в том что шпаклёвки не классифицируются таким образом (обычные, не обычные).

Есть цементные шпаклёвки, гипсовые, полимерные, шпаклёвки по дереву, шпаклёвки по металлу и так далее.

Шпаклёвка по металлу совершенно обычная и на предназначена для нанесения на металл.

Так же важно учитывать что это за поверхность, разнородная со вставками из металла, или полностью металлическая.

Если полностью металлическая, то нужна шпаклёвка по металлу и это однозначно, если разнородная, то варианты следующие:

Закрепить на поверхность листы гипсокартона (можно бескаркасным способом и далее шпаклёвка (можно гипсовую, если помещение не влажное).

Предварительно металл обрабатываем преобразователем ржавчины, грунтуем, можно покрасить что бы защита металла была ещё надёжней.

Есть в продаже такая грунтовка как "Бетонконтакт"

она создана для того что бы совмещать не совмемтимое, благодаря этой грунтвки шпаклёвку можно наносить даже на краску, то есть красим металл, защищая его от влаги, грунтуем "Бетонконтактом" и шпаклюем, можно ещё "серпянкой" подстраховаться.

Есть в продаже и универсальные шпаклёвки, к примеру работают и по бетону и по дереву и по металлу, одновременно

они тоже совершено обычные, можно использовать её.

А в целом, я бы посоветовал избавиться от разнородной поверхности, это можно сделать и отделочными материалами монтируемым каркасным способом и бескаркасным (вагонки, панели, гипсокартон, фанера и.т.п).