Смотря какой это навес, к примеру если это навес сложной формы, то сотовый поликарбонат легче гнётся, его проще монтировать (крепить) на такой навес.
Во всём остальном (личное мнение) поликарбонат сотовый проигрывает пластиковому шиферу.
Торцы сотового поликарбоната надо в обязательном порядке защищать (закрывать) от попадания влаги, пыли в те самые "соты" материала.
Пластиковый шифер (волновой) выглядит с эстетической точки зрения более привлекательно.
Пластиковый шифер лучше выдерживает снеговую и ветровые нагрузки.
Это более прочный материал (устойчивый к механическим повреждениям).
Не выгорает на солнце, то есть устойчивость к УФ-излучению, такой шифер не поглощает солнечные лучи, а просто пропускает их через себя.
У пластикового шифера лучше свето-пропускная способность.
Есть выбор по цвету (он может быть полностью прозрачным, может быть не прозрачным).
Он прост в монтаже (если сравнивать с монтажом поликарбоната, особенно сотового), за ним легче ухаживать.