Вот очень не плохая шпаклёвка по дереву VGT(ВГТ) "Экстра".
Это акриловая цветная шпаклёвка.
Есть и чисто белая, есть бук, сосна, лиственница и так далее.
Есть смысл использовать эту шпаклёвку (она не дешёвая) если не планируете красить деревянный подоконник.
Данная шпаклёвка заполнит мелкие трещины, выбоины, сколы и так далее.
Наносится на чистую и сухую поверхность.
Если Ваш подоконник покрашен, то старую краску необходимо удалить полностью, до чистой древесины и лишь затем наносить шпаклёвку.
Ещё хотелось бы посоветовать, найти причину появления трещин, это не нормальное явление, Ваша древесина, или сырая, или наоборот слишком сухая, древесину обычно защищают различными пропитками, красками, лаками.
Если трещина не большая, то можно очень мелкие опилки (практически пыль) смешать с бесцветным лаком, но опилки лучше брать точно такой же породы древесины.
Есть не дорогие масляные шпаклёвки по дереву, но это под покраску.