В этом случае люк придется демонтировать.
Скорее всего, если протекание уже было, присутствует коррозия на металле крыши. Поэтому люк нужно снять, осмотреть проём.
При необходимости нужно отремонтировать проём для люка, обработать от коррозии металл, заново погрунтовать и покрасить края проёма.
Возможно придётся заменить уплотнительную резину на люке. Если нет - не пожалейте денег на качественный герметик.
Собирайте всё в обратном порядке и пробуйте пользоваться!