Магнетроном от микроволновки конечно можно попытаться уничтожить грибок и плесень в подвале, но есть гораздо менее экзотичные способы (соответственно менее затратные, менее разрушительные и более удобные), как например дезинфекция и химическая обработка, гидроизоляция и грунтовка пропитками, сушка, а главное выполнение качественной вентиляции.
Магнетрон же будет являться довольно неудобным способом хотя бы потому. что без серьезного экранирования будет представлять угрозу для вашего здоровья, а также для любых электронных приборов находящихся поблизости.