Видимо Вы неправильно подготовили фанеру под покраску.
Фанера, это склеенный между собой шпон, то есть древесина.
Древесина довольно активно может впитывать краску, если это фанера нормальной влажности.
Отсюда и проблемы с неравномерным её высыханием.
Если это не шлифованная фанера, то перед покраской она шлифуется и самое главное грунтуется.
Помимо прочего, грунтовка уравновешивает впитываемость поверхности.
Я грунтовал фанеру вот такой
акриловой грунтовкой по дереву, причём грунтовал 2 раза с просушкой.
Более дешёвый вариант, фанеру надо проолифить, перед покраской, правда тогда придётся её окрашивать масляной краской, ибо иные типы краски несовместимы с олифой.
Олифу надо разогреть на водяной бане.
Если Вы не грунтовали фанеру, то значит первый слой краски был грунтовочный, продолжайте окрашивание, то есть на этот слой краски, после просушки наносится 2 и последующие слои.
Полностью удалять краску с фанеры и далее грунтовать, это не вариант.
Можно добавить колер в краску, то есть сделать её чуть темней.
Возможно укрывистость краски плохая и красить придётся дополнительным слоем.
Сколько конкретно слоёв краски понадобится, определитесь по месту, фанера разная изготавливается из разной древесины, цвет краски разный, укрывистость разная.
Но в целом я обычно окрашиваю фанеру в два слоя и это минимум.
После просушки краски, можно нанести лак, это укрепит поверхность.
Но и грунтовка и краска и лак должны быть совместимы между собой.