Как штукатурить стены если на полу уже лежит фанера?

Скорей всего Вы нарушили правильную последовательность действий.

В начале нужно было заштукатурить стены, а потом уже укладывать лаги, крепить фанеру и.т.д.

Фанера используется в помещениях с нормальной влажностью (хотя есть и влагостойкая фанера, для наружных работ, но вряд ли Вы покупали такую на полы, у неё проблемы с экологичностью).

Перед укладкой фанеры на пол, чаще всего её пропитывают олифой, я покупаю вот такую

Олифа улучшает влагостойкость фанеры.

Перед нанесением олифы её разогревают на водяной бане, пропитываются и торцы листов фанеры.

Штукатурка сохнет неделями (если речь о цементно-песчаной штукатурке, гипсовые высыхают чуть быстрей) влажность в помещении будет повышенной могут быть проблемы с фанерой.

Но если так получилось, то застелите пол плёнкой, чтобы падающий штукатурный раствор не контактировал с фанерой.

Далее уберите пыль со стен (это при условии что старая финишная отделка уже демонтирована) и загрунтуйте их, затем дайте время на просушку грунтовочного слоя.

Далее выставляем маяки.

Набрасываем штукатурку между маяками и протягиваем её правИлом.

Падающий раствор лучше сразу убирать с пола.

А из личного опыта могу добавить, сталкивался с подобной ошибкой в последовательности подготовки стен и пола.

Выравнивал стены штукатуркой, но сухой, то есть гипсокартоном.

Производить "мокрые" работы при уложенной фанере на полы, не рекомендую, если так получилось, то самый правильный вариант, демонтировать фанеру, заштукатурить стены и только после просушки штукатурки заниматься укладкой фанеры на полы.