В начале Вам нужно простучать уже уложенную плитку.
Если звук "пустой", то это значит что плитка отошла от основы, или проблема со стяжкой под плиткой.
В этом случае укладывать плитку на плитку нельзя, старую плитку лучше сбить.
Далее, нужно учитывать что высота пола увеличится из-за толщины напольной плитки и толщины клевого слоя под ней.
То есть выпуск (горловина) унитаза уже может не совпасть с канализацией.
Но можно установить унитаз используя вот такой
эксцентрик, или же установка унитаза через гофру.
Перед укладкой плитки на плитку нужна определённая подготовка поверхности.
Поверхность должна быть сухой и чистой, далее нужно увеличить адгезию между старой и новой плиткой.
Можно просто загрунтовать пол грунтовкой "Бетонконтакт".
Но я обычно (в дополнении к этому) УШМ делаю насечки по старой плитке, то есть нарезаю борозды (не глубокие).
Далее убираем пыль и грунтуем "Бетонконтактом", или же плиточным клеем на сдир.
После просушки грунтовки можно класть плитку на плитку.
Унитаз можно установить используя штатный крепёж, можно комбинированный вариант, то есть и крепёж и силиконовый герметик.
Или же приклеить унитаз к поверхность без сверления плитки.
Вывод:
Техническая сторона вопроса решаемая, но лучше сбить старую плитку, тем более что площадь пола в "обычном" туалете не большая (1,2, 1,5 кв.м, +-).
Да и лучше когда выпуск унитаза заходит в канализацию (через манжету) чем устанавливать унитаз через гофру.