Имел дело с хлебницами из дерева.
Плюсы - дышит, радует глаз внешним видом... пожалуй и всё..
Пользовался года полтора, а потом начались проблемы, схожие с Вашими.
Причины - дерево очень быстро вбирает влагу, но очень медленно её отдаёт и, как следствие, его нельзя протирать мокрой тряпкой, обрабатывать химическим способом, мыть и т.д.
Перешёл на пластмассовую хлебницу.
Плюсы - легка, практична, ярких цветов, можно мыть и обрабатывать пеномоющими средствами,быстро протереть и обработать пеномоющими средствами и высушить, малая стоимость... Выкинуть не жалко.
Ответ на вопрос - если появилась плесень на дереве, то легче выкинуть, чем её вывести.
Не будете же Вы обрабатывать её антисептиком, чтобы в дальнейшем хранить в ней хлеб...