На мой взгляд, нужно определиться со словом "пупырышки".
Это могут быть некие мелкие вкрапления выступающие над поверхностью пола, это мусор который не тщательно убирали перед заливкой пола.
То есть неправильно подготовили основание, я помимо прочего использую пылесос перед заливкой пола, просто веника может быть недостаточно.
Или же пупырышки, это некие "кратеры" на поверхности, это лопнувшие пузырьки воздуха, реже не лопнувшие.
Причин тут несколько:
Недостаточно тщательно "прокатывали" наливные полы вот таким игольчатым валиком.
Или прокатывали, но делали это с запозданием, смесь начала "прихватываться" (застывать).
Игольчатым валиком работают ("прокатывают") пока смесь сохраняет эластичность.
Или же неправильно подготовили смесь к заливке и тут дело не только в пропорциях компонентов.
Даже если пропорции смешивались (добавлялись) по инструкции, важно тщательное перемешивание компонентов.
В ручном режиме это не делается. нужен строительный миксер, или дрель с венчиком, компоненты перемешиваются тщательно до однородной консистенции.
Если этого не сделать, то смесь будет слишком густой, отсюда и появление тех самых "пупырышков".
Или же основание подготовлено не правильно, пупырышки могут появляться, если влажность основания (например стяжки цементно-песчаной, или бетонной) высокая, остаточная влага причина.
То есть не дали время на полную просушку стяжки (а на это могут уйти недели).
Или же влага слишком быстро покидает смесь, основание впитывает (активно) влагу, отсюда и проблема, возможно одного слоя грунтовки было не достаточно, грунтовать основание нужно было 2 и более раз с просушкой.
Или же использовали некачественную грунтовку, неправильно её наносили.
Мелкую пыль и грязь, даже если она осталась на поверхности, можно удалять и по ходу заливки полов, например полимерных.
Шпателем (зубчатым, ну или раклей) работаем движением "на себя", а не от себя, то есть ошибка при нанесении из-за недостаточного опыта, практики.
Возможно причина в некачественной смеси наливных полов, или смесь просрочена, неправильно хранилась, заливалась излишне большим слоем и.т.п.
Или же воздух попал в смесь на стадии её (смеси) размешивания.