Те самые отверстия "в подошве" (основании) унитаза могут не совпадать даже если новый унитаз, купили точно такой же модели, один производитель, отверстий может быть и два (по одному с каждой стороны) и 4.
Например глубже на пару сантиметров вставлен выпуск нового унитаза в раструб тройника, отверстия не совпадут.
И тем более не совпадут, если унитазы разных моделей, от разных производителей.
Так же важно учитывать на какое основание устанавливается унитаз, чаще всего, это плитка.
Варианты "что делать", следующие:
Если на полу плитка и отверстия находятся (это будет ясно после разметки) слишком близко (меньше 1 диаметра отверстий под крепления), то можно заменить плитку.
Демонтируем плитку (возможно несколько), далее извлекаем дюбеля, заполняем отверстия ремонтной смесью (как вариант, но есть и другие) на цементной основе, просушка.
Укладывается новая плитка, просушка и далее сверлим в новой плитке, отверстия под установку нового унитаза.
Если отверстий не совпали, но они находятся на расстоянии 1 диаметра сверла и более, то делаем разметку, керним, сверлим новые отверстия, забиваем дюбеля и крепим унитаз к полу, через монтажные отверстия, болтами из комплекта.
Если эти варианты не устраивают, унитаз-компакт, можно приклеить к полу, например на герметик.
Я покупал вот такой
силиконовый санитарный герметик "Титан", к герметику нужен "пистолет".
Вставляем выпуск унитаза в раструб тройника (унитаз без бачка), очерчиваем контур "подошвы" унитаза.
Далее с небольшим отступом от краев разметки наносим слой герметика, но предварительно поверхность очищается от грязи, обезжиривается.
Затем устанавливается унитаз, убирается лишний герметик, далее устанавливается бачок унитаза, подключается к воде гибким шлангом.
Вместо герметика унитаз к полу можно приклеить плиточным клеем на основе цемента.
При помощи УШМ (болгарка) после разметки и очерчивании контура "подошвы", делаются борозды (насечка, по сути), на плитке.
Далее замешиваем плиточный клей, кладем его "с горкой" пределах разметки, устанавливаем унитаз, далее на унитаз укладываем кусок фанеры и ставим сверху, гнет.
Практически точно так же устанавливается унитаз, на цементно-песчаный раствор, песок нужен просеянный.
И ещё из личного опыта, приклеивать унитаз лучше всё же на герметик, его можно подрезать (например струной) и демонтировать унитаз, в случае цементно-песчаного раствора, или плиточного клея, демонтаж унитаза с сохранением, крайне проблематичен.