Большую дырку в подвал под трубой, которая ведёт к унитазу в ванной, чем и как заделать?

Если унитаз и ванна установлены водном помещении, значит речь идет о совмещенном Санузле.

Труба которая ведет к унитазу, и при этом уходит (опускается) в подвал, это канализационный стояк (вертикальная труба диаметром 110 мм).

То есть речь о заделке "дыры" как Вы пишите вокруг стояка.

Заделать можно цементно-песчаным раствором, песок не обязательно просеивать, пропорции песка и цемента зависят от марки цемента.

Я использовал цемент марки "М-400" замешивал 1 к 3 (часть цемента на 4 части песка).

Если цемент марки "М-500", то 1 к 4-5.

Можно добавить в цементно-песчаный раствор крупный наполнитель, например щебень и на финише получите бетон.

Или использовать бой кирпича в качестве "балласта" , кирпич лучше брать красный керамический, а не силикатный.

Прямого контакта цементно-песчаного раствора, или бетона, с трубой лучше избегать, должна сохраняться "подвижность" трубы.

Я покупал вот такой

Утеплитель (трубный) подбираем с учетом диаметра трубы (стояка).

Утеплитель ("цилиндр") уже разрезан вдоль, просто одеваем его на трубу и опускаем вниз по стояку.

Дальше, чтобы раствор не падал в подвал, делаем опору ("опалубку") со стороны подвала.

Я использовал кусок фанеры.

Фанеру можно зафиксировать подпорками (пол подвала, фанера), или просверлите несколько отверстий в фанере, просуньте в отверстия проволоку и выведите её (проволоку) над отверстием ("дырой") со стороны квартиры.

Можно проволоку привязать к трубе, или отрежьте кусок арматуры длинней отверстия и зафиксируйте фанеру таким образом, в конце, после застывания раствора отрезаем проволоку, убираем фанеру со стороны подвала.

Перед заливкой бетона, поверхность лучше загрунтовать, использовать можно и аэрозольную грунтовку, работать кистью неудобно, или хотя бы чуть увлажните поверхность при помощи пульверизатора.

Всё, замешиваем раствор, заливаем его в отверстие, можно нарезать куски арматуры и армировать "заливку" по ходу.

Можно отверстие заполнить монтажной пеной, по правилам нужно использовать негорючие материалы при заделке отверстий в междуэтажных перекрытиях, покупаем огнестойкую пену.

Увлажняем поверхность, запениваем и в этом случае можно использовать фанеру в качестве "опалубки", или запенивайте в несколько этапов (это допустимо, но не давайте первому слою пены полностью высохнуть).

Далее подрезаем пену примерно на 8-10 мм глубже чем заподлицо с поверхностью.

Выводим поверхность в ноль, например при помощи плиточного клея на основе цемента, я покупал "Церезит СМ 11" (Ceresit).

Нет, такую шпаклевку использовать нельзя, она наносится слоем в 1-2 мм максимум, отверстия финишными шпаклевками, не заделываются.