На мой взгляд самый лучший вариант, это не заморачиваться с различными шпаклёвками и красками по ПВХ, это и дорого и качество не совсем может устроить и перекрашивать придётся всё, а не только ремонтируемое место.
Есть в продаже вот такие ремонтные накладки для ПВХ подоконников.
Можно подобрать такую же по цвету, можно поменять цвет подоконника.
Очищаем подоконник от пыли и грызи, обезжириваем.
Отрезаем накладку по размеру подоконника (по длине и ширине).
Точечно на подоконник (или накладку, это не суть) наносим клей из серии "жидкие гвозди", всё, устанавливаем накладку, убираем сразу лишний клей.
Торцевые заглушки на подоконник, можно использовать те же, можно купить отдельно вместе с накладкой.
Есть ещё вариант оклеивания подоконника самоклеящейся плёнкой, она тоже с кроет проблемное место, но она менее долговечна в отличии от накладки.
Если проблема очень серьёзная, иногда правильней (логичней) заменить весь ПВХ подоконник, чем возиться с его ремонтом.