

Можно приобрести латексно-акриловую эластичную, влагостойкую (влагостойкость важный момент, полы подвержены влажной уборки с определённой периодичностью) шпаклёвку по дереву.
Но вся ситуация выглядит не совсем логичной.
Деревянные дома не дают усадку вот таким образом.
У Вас скорей всего дело не в усадке дома, а в не совсем правильном монтаже (установки) плинтуса.
В первую очередь надо понять, усадка завершена?
Если нет, то заделывать щели совершенно бесполезно.
Так же важно знать что именно у Вас лежит на полу, к примеру если ковролин под плинтусами, то шпаклевать бессмысленно.
Да и вообще если речь о деревянных плинтусах и деревянных полах, то плинтус крепится гвоздями к полу, то есть гвозди вытягивают все щели, не совсем ясно о чём Вы спрашиваете.
Добейте гвозди в древесину и щелей не будет.
После того как вытяните щели гвоздями, головки гвоздей можно зашпаклевать шпаклёвкой по дереву, далее шлифовка, грунтовка и покраска плинтусов.
Если у Вас плинтуса не деревянные, то лучше бы это указать в вопросе, ибо пластиковые плинтуса шпаклюются с использованием иной шпаклёвки.
Так же важно знать что на стенах.
К примеру если обои, то снимать плинтуса без вариантов (обои лежат на плинтусах), Вы их просто порвёте.
В этом случае в районе щелей есть смысл забить дополнительные гвозди, через плинтус в пол, а не через плинтус в стены.
А в конце всё по той же схеме (шпаклёвка головок гвоздей и покраска плинтуса).